Johan Jacob Döbelius (adlad von Döbeln år 1717), född den 29 mars 1674 i Rostock, död den 14 januari 1743 i Lund, var en tyskfödd svensk läkare, professor i praktisk medicin. Han var son till stadsläkaren Johan Jacob Döbelius den äldre.
Döbelius blev efter studier i Leiden medicine doktor i Rostock år 1695. Han begav sig på resa till England året därpå, men blev väderdriven till Göteborg, där han en tid utövade medicinsk praktik. Han utnämndes sedermera till provinsialläkare, 1697 i Bohuslän och 1699 i Skåne.
Han upptäckte och undersökte Ramlösa hälsobrunn, som år 1707 öppnades för allmänheten. Döbelius var stabsmedikus vid de av Magnus Stenbock i Skåne sammandragna trupperna. År 1710 utnämndes han till professor i praktisk medicin vid Lunds universitet. Han fungerade som även som rektor för universitetet år 1717, 1729 och 1742 samt som inspektor vid Göteborgs nation mellan 1740 och 1743.