Rune Elmqvist var från början läkare (utbildad i Lund), men arbetade senare som ingenjör och uppfinnare. 1940 blev han utvecklingschef på företaget Elema-Schönander, som senare utvecklades till Siemens-Elema.
1931 konstruerade han en ny typ av EKG-apparat som bestod i en konstruktion av en tre-kanalig EKG-apparat som bara använde två förstärkarkanaler. Den tredje erhölls genom differens av förstärkarimpulserna från de två andra kanalerna (i enlighet med Einthovens lag). Elmqvist fick patent på uppfinningen och kommersiell tillverkning satte igång 1933, då i samarbete med Peter Petersson vid Lunds universitets instrumentverkstad. 1935 tillverkade Lunds universitets instrumentverkstad en liten en-kanalig EKG-apparat av typen "Junior". Den tillverkades först i teaklåda, senare i plåt. 1940 flyttades tillverkningen til Stockholm där fimrna köptes upp av Järnhs elektriska AB, som hade ett samarbete med företaget Elema.
1948-1950 utvecklade han (tillsammans med Peter Petersson) den s.k. Mingografen, dvs. en EKG-apparat med tillhörande bläckstråleskrivare.
Denna direktskrivande bläckstråleskrivaren visades upp vid cardiologkonferensen i Paris 1950.
1958 utvecklade han den första implanterbara pacemakern på uppdrag av Åke Senning, som var överläkare och hjärtkirurg vid Karolinska sjukhuset i Solna.
Att stimulera hjärtat var känt sedan tidigare och försök gjordes 1957 i USA med en pacemaker som man hade på utsidan av kroppen. Rune Elmqvist vidareutvecklade idén och tog fram en batteridriven pacemaker liten nog att opereras in i kroppen. En pulsgenerator, uppladdningsbara batterier och elektroder som skulle anslutas till hjärtat göts in i plast. Den banbrytande uppfinningen kallades" pucken" pga sin storlek och form. Den 8 oktober 1958 opererades den första pacemakern in på Karolinska sjukhuset i Stockholm av Dr Åke Senning. Pacemakern fungerade dock bara i tre timmar, men redan dagen efter opererades en ny in. Patienten (Arne Larsson) använde totalt 22 st pacemakrar under sitt långa liv. Han avled 86 år gammal år 2001 och han överlevde både uppfinnare och kirurg. Att pacemakeroperationen var en världsnyhet insåg varken Elmqvist eller Senning. Elmqvist skickade in en patentansökan men fullföljde den inte för han trodde inte att uppfinningen skulle få en sådant stort genomslag.
Året innan han uppfann pacemakern, 1957, blev han hedersdoktor vid Lunds universitet.